Od zaliczek wypłacanych komplementariuszowi spółka komandytowa nie musi pobierać podatku na bieżąco - przełomowy wyrok WSA w Krakowie

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie orzekł, że spółka komandytowa, jako płatnik, nie musi pobierać podatku od zaliczek wypłacanych komplementariuszowi do zakończenia roku podatkowego tej spółki. Dopiero wtedy znana będzie bowiem wysokość podatku należnego od zysku spółki komandytowej, przypadającego na danego komplementariusza o którą należy pomniejszyć podatek należny od komplementariusza. Wydany wyrok stoi w kontrze do stanowisk prezentowanych w interpretacjach indywidualnych, w których Dyrektor KIS wskazuje, że od całej kwoty zaliczki wypłaconej komplementariuszowi w ciągu roku obrotowego spółka komandytowa powinna pobierać podatek.

Od momentu wprowadzenia przez ustawodawcę opodatkowania spółek komandytowych podatkiem CIT kontrowersje budzi kwestia, czy wypłata komplementariuszom w ciągu roku obrotowego zaliczek na poczet udziału w zysku - czyli zjawisko powszechnie stosowane w praktyce spółek komandytowych i komandytowo-akcyjnych, jednak nie przewidziane wprost przez ustawodawcę przy wprowadzaniu opodatkowania tych spółek CIT – rodzi obowiązek pobrania zryczałtowanego podatku dochodowego. Ten sam problem prawny zaistniał już wcześniej na gruncie zasad opodatkowania SKA, niemniej w wyniku objęcia opodatkowaniem bardzo popularnych w Polsce spółek komandytowych, stał się dużo bardziej powszechny.

Problem bierze się stąd, że w założeniu ustawodawcy komplementariusz spółki komandytowej ma być opodatkowany jednokrotnie mimo tego, iż spółka komandytowa stała się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, a od wypłacanych przez spółkę wspólnikom zysków pobiera ona, jako płatnik, podatek. W celu zapewnienia jednokrotnego opodatkowania zysku komplementariuszy wprowadzono mechanizm pozwalający zmniejszyć  kwotę zryczałtowanego podatku obciążającego komplementariusza o część CIT zapłaconego przez spółkę komandytową za dany rok podatkowy, proporcjonalnie do udziału danego komplementariusza w zysku spółki komandytowej. Kwestią budzącą wątpliwości jest to, że gdy w trakcie roku  dokonuje się wypłat zaliczek na poczet udziału w zysku nie jest jeszcze znany podatek należny od dochodu spółki za dany rok. W efekcie powstają spory czy, a jeżeli tak, to jak naliczać zryczałtowany podatek od wypłacanych wspólnikowi zaliczek. 

Skutkiem takiego stanu rzeczy jest napływ do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wniosków o wydanie interpretacji indywidualnych składanych przez spółki komandytowe i ich komplementariuszy. Niestety stanowisko organu interpretacyjnego jest w tym zakresie konsekwentnie negatywne, tj. jego zdaniem spółka komandytowa wypłacając komplementariuszom zaliczki na poczet udziału w zyskach musi pobrać od całej kwoty zryczałtowany podatek dochodowy.  Następnie komplementariusz, po zakończeniu roku podatkowego spółki i obliczaniu jej zobowiązania podatkowego w CIT, może ubiegać się o zwrot nadpłaty w trybie postępowania nadpłatowego. W praktyce oznacza to, że podatnik odzyska podatek, pobrany wbrew zasadzie jednokrotności opodatkowania, dopiero po upływie wielu miesięcy od jego potrącania przez płatnika.

Powyższa kwestia stała się w ostatnim czasie przedmiotem orzeczeń sądów administracyjnych. W ostatnim czasie ukazało się też pierwsze uzasadnienie pisemne orzeczenia w tym zakresie. Sąd w pełni zakwestionował w nim wykładnię dokonaną przez organ interpretacyjny i zaaprobował pogląd prezentowany przez podatnika, zgodnie z którym podatek od zaliczki należnej komplementariuszowi na poczet udziału w zysku staje się należny dopiero w momencie, gdy znany będzie roczny zysk spółki.  

WSA w Krakowie tym samym w pełni poparł stanowisko zawarte w opisywanym wcześniej wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 3 grudnia 2020 r., sygn. akt II FSK 2048/18. Sąd przyjął, iż mimo że orzeczenie to odnosi się do opodatkowania przychodu komplementariuszy spółki komandytowo-akcyjnej, to z uwagi na zawartą w nim interpretację tych samych przepisów, które od 1 stycznia 2021 r. mają zastosowanie do przychodu komplementariuszy spółki komandytowej, tezy w nim zawarte pozostają w pełni adekwatne w odniesieniu do sporów na gruncie nowych zasad opodatkowania komplementariuszy spółek komandytowych. Kształtująca się powoli linia orzecznicza idzie więc w stronę tego, że od zaliczek wypłacanych komplementariuszom nie pobiera się zryczałtowanego podatku do momentu, gdy znany będzie zysk spółki komandytowej.