Zatrzymanie nadwyżki VAT w wyniku wszczęcia postępowania w sprawie kontroli podatkowej a zasada neutralności podatkowej

W dniu 14 maja 2020 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej orzekł, że w sytuacji gdy organy podatkowe rozpoczęły postępowanie dotyczącej deklaracji podatku VAT w celu kontroli kwot do zwrotu, to do jej zakończenia organ podatkowy ma prawo do zatrzymania zwrotu tej części nadwyżki podatku VAT, która odnosi się do transakcji nieobjętych tym postępowaniem w chwili jego wszczęcia.

Wyrok dotyczył czeskiej spółki Agrobet, handlującej olejem rzepakowym. Spółka wystąpiła z wnioskiem o zwrot VAT za dwa okresy rozliczeniowe. Czeskie organy podatkowe powzięły jednak wątpliwości do rzetelności części wykazanych przez spółkę transakcji – wewnątrzwspólnotowych dostaw oleju do podmiotu z Polski. Kwota, co do której organ wszczął postępowanie podatkowe była kwotą marginalną w kontekście całej kwoty do zwrotu, Spółka wniosła więc o zwrot pozostałej kwoty VAT, co do której organ nie prowadził postępowania. Organ podatkowy odmówił jednak zwrotu argumentując, że jest to prawo  niepodzielne, dotyczące całej kwoty wykazanej w danym okresie rozliczeniowym.

Ostatecznie, sprawa trafiła do sądu. W związku z tym, czeski sąd odsyłający zadał pytanie:

„Czy zgodny z prawem Unii, w szczególności z zasadą neutralności VAT, jest przepis prawa krajowego, który uzależnia określenie i wypłatę części żądanego odliczenia VAT od zakończenia postępowania w przedmiocie wszystkich transakcji podlegających opodatkowaniu w danym okresie rozliczeniowym?”

TSUE przyznał rację organowi podatkowemu, uznając, że bezsporna część VAT może być zwrócona jedynie w sytuacji, gdy organ ma pewność, że w wyniku jego działań na pewno nie zmieni się kwota zadeklarowanego zwrotu. Jak wskazał TSUE, ustalenie, czy nadwyżka pozostanie w tej samej wysokości po zakończeniu postępowania powinno być przeprowadzone osób jasny, precyzyjny i jednoznaczny.

Wyrok jest raczej niekorzystny dla podatników. Daje bowiem organom podatkowym argumenty przemawiające za wstrzymaniem całości zwrotu VAT nawet w sytuacji, w której organy podatkowe będą miały wątpliwości jedynie co do niewielkiej części transakcji. Podatnicy więc, przy wnioskowaniu o zwrot VAT powinni mieć na uwadze, że nawet jedna nieprawidłowość może doprowadzić do przeciągnięcia postępowania i zablokować cały zwrot VAT do czasu wyjaśnienia sprawy.