Organ wydający:
NSA
Data:
2026-05-25
Sygnatura:
II FSK 124/26
Naczelny Sąd Administracyjny potwierdził, że możliwość zastosowania 5% stawki podatku w ramach IP Box zależy nie tylko od prowadzenia rzeczywistej działalności badawczo-rozwojowej, lecz także od ewidencji pozwalającej wiarygodnie ustalić przychody, koszty, dochód lub stratę oraz wskaźnik nexus dla kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Sama alokacja łącznych kosztów działalności według proporcji przychodowej nie jest wystarczająca, jeżeli podatnik nie wykaże związku konkretnych wydatków z poszczególnymi kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej.

 

Okoliczności sprawy

Sprawa dotyczyła podatnika, który wystąpił o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r., w związku z zastosowaniem preferencji IP Box w korekcie zeznania PIT. Sednem sporu było ustalenie, czy prowadzona przez niego ewidencja spełniała wymogi określone w art. 30cb ust. 1-3 ustawy o PIT oraz czy na jej podstawie możliwe było prawidłowe ustalenie kwalifikowanego dochodu opodatkowanego stawką 5%.

Z ustaleń organów podatkowych wynikało, że podatnik ewidencjonował przychody osiągane z kwalifikowanych praw własności intelektualnej (dalej również: KPWI) z podziałem na poszczególne prawa. Przychody przypisywał do konkretnych KPWI na podstawie faktur sprzedażowych ujmowanych w miesięcznych zestawieniach. Następnie obliczał procentowy udział przychodów przypadających na dane kwalifikowane prawo w przychodach z działalności ogółem.

Odnośnie do kosztów uzyskania przychodu, podatnik ujmował w ewidencji wszystkie koszty ponoszone w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, a następnie przyporządkowywał je do poszczególnych KPWI według wcześniej ustalonej proporcji przychodowej dla danego KPWI.

Dodatkowo podatnik przyjął, że koszty kwalifikowane związane z prowadzoną bezpośrednio działalnością badawczo-rozwojową stanowią 5% wszystkich kosztów. W konsekwencji koszty przypisane wcześniej do poszczególnych KPWI mnożył przez współczynnik 0,05, a otrzymane wartości sumował i wykazywał jako koszty bezpośrednio związane z działalnością B+R na potrzeby kalkulacji wskaźnika nexus.

Organy podatkowe odmówiły stwierdzenia nadpłaty. Uznały, że prowadzona przez podatnika ewidencja nie pozwalała na ustalenie kosztów rzeczywiście poniesionych w związku z wytworzeniem, rozwinięciem lub ulepszeniem konkretnych KPWI. Stanowisko organów podzielił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu, który oddalił skargę podatnika. W rezultacie sprawa trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego (dalej: NSA) w wyniku wniesionej przez podatnika skargi kasacyjnej.

 

Stanowisko podatnika

W skardze kasacyjnej podatnik zarzucił przede wszystkim nadmiernie formalistyczną wykładnię przepisów dotyczących IP Box, nieuwzględniającą celu preferencji. Podatnik argumentował, że przyjęty przez organy podatkowe i WSA standard ewidencyjny może w praktyce pozbawiać preferencji podatników, którzy faktycznie prowadzą działalność badawczo-rozwojową.

Podatnik wskazywał również, że art. 22 ust. 3 i 3a ustawy o PIT może mieć zastosowanie do alokacji kosztów w ramach jednego źródła przychodów, jeżeli część dochodu z tego źródła podlega preferencyjnemu opodatkowaniu. W jego ocenie art. 30cb ust. 1 pkt 4 ustawy o PIT pozwalał natomiast na ustalenie łącznego dochodu z KPWI z wykorzystaniem metod pośrednich, o ile pozwalają one na ustalenie dochodu w sposób ekonomicznie uzasadniony i weryfikowalny.

 

Stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego

NSA oddalił skargę kasacyjną. Sąd podkreślił, że obowiązek prowadzenia odrębnej ewidencji dla celów IP Box nie ma wyłącznie formalnego charakteru. Ewidencja ma umożliwiać weryfikację związku pomiędzy dochodem objętym preferencją a prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową, w tym ustalenie przychodów, kosztów uzyskania przychodów, dochodu lub straty oraz wskaźnika nexus dla KPWI.

Zdaniem NSA metoda zastosowana przez podatnika nie pozwalała na ustalenie kosztów rzeczywiście związanych z wytworzeniem, rozwinięciem lub ulepszeniem poszczególnych KPWI. Podatnik zastosował proporcję przychodową do łącznych kosztów działalności gospodarczej, lecz nie wykazał związku konkretnych wydatków z poszczególnymi kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej.

Sąd zaznaczył, że art. 22 ust. 3 i 3a ustawy o PIT może mieć znaczenie przy rozliczaniu określonych kosztów pośrednich, ale nie zwalnia z obowiązku prowadzenia ewidencji wymaganej przez art. 30cb ustawy o PIT. Przepisy te nie stanowią podstawy do ustalania kosztów kwalifikowanych wyłącznie według proporcji przychodowej, bez wykazania ich związku z konkretnymi KPWI.

NSA nie podzielił także argumentacji opartej na art. 30cb ust. 1 pkt 4 ustawy o PIT. Możliwość ustalenia łącznego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej w przypadkach przewidzianych w ustawie nie oznacza rezygnacji z obowiązku wykazania rzeczywiście poniesionych kosztów. W konsekwencji, skoro ewidencja nie pozwalała ustalić kwalifikowanego dochodu, podatnik był obowiązany do opodatkowania dochodu na zasadach ogólnych, a podstaw do stwierdzenia nadpłaty nie było.

 

Komentarz PwC

Wyrok wskazuje, że w przypadku IP Box rzeczywiste prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej, w ramach której powstało KPWI, nie przesądza jeszcze o możliwości zastosowania preferencyjnej stawki podatku. Kluczowe pozostaje właściwe przygotowanie ewidencji, która umożliwi skalkulowanie kwalifikowanego dochodu z KPWI w sposób umożliwiający weryfikację związku kosztów podatkowych z kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej. Jest to szczególnie istotne z uwagi na dwie grupy kosztów uzyskania przychodów, rozróżniane ze względu na ich związek z KPWI: koszty bezpośrednio związane i pośrednio związane z KPWI.

Orzeczenie nie wyklucza przypisywania kosztów pośrednio związanych z KPWI z zastosowaniem odpowiednio uzasadnionego klucza. NSA wyraźnie rozróżnia jednak dopuszczalność rozliczania kosztów pośrednich we wskazany sposób od sytuacji, w której proporcja przychodowa zastępuje identyfikację kosztów związanych z konkretnymi kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej. Koszty bezpośrednio związane z KPWI powinny zostać zidentyfikowane ze względu na ich związek z wytworzeniem / rozwojem danego KPWI, a nie w oparciu o przyjęty klucz przychodowy z puli wszystkich kosztów działalności.

Powyższy wyrok potwierdza konieczność odpowiedniej identyfikacji poszczególnych kosztów podatkowych podczas kalkulacji kwalifikowanego dochodu z KPWI. Odpowiednia kwalifikacja kosztów jest niezbędna do obliczenia dochodu z KPWI (w tym w szczególności do obliczenia wskaźnika nexus wpływającego na wysokość preferencyjnie opodatkowanego dochodu). W praktycznym wymiarze teza przyjęta przez NSA w omawianym wyroku potwierdza konieczność starannego podziału ponoszonych kosztów na pośrednio oraz bezpośrednio związane z KPWI.

W naszej ocenie, stanowisko organów podatkowych i sądów jest w tym zakresie spójne z obowiązującymi przepisami regulującymi IP Box oraz praktyką stosowania mechanizmu IP Box. Omawiane orzeczenie jest d0oskonałym przykładem potwierdzającym, że kluczowym aspektem korzystania z tej preferencji jest prowadzenie właściwej ewidencji pozwalajacej na odpowiednie ustalenie przychodów oraz kosztów związanych z KPWI.

Pomimo, że wyrok dotyczy przepisów ustawy o PIT, to z uwagi na analogiczną konstrukcję przepisów w ustawie o CIT, wnioski z niego wynikające mogą mieć znaczenie również dla podatników tego podatku.