Polska Strefa Inwestycji: korzystne podejście do rozliczania pomocy publicznej przy kilku decyzjach o wsparciu

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) w interpretacji indywidualnej z 23 czerwca 2026 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.396.2022.11.MBD, odniósł się do zasad korzystania ze zwolnienia podatkowego w ramach Polskiej Strefy Inwestycji (PSI) przez podatnika posiadającego dwie decyzje o wsparciu. Interpretacja została wydana po ponownym rozpatrzeniu sprawy, z uwzględnieniem wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 grudnia 2025 r., sygn. II FSK 306/23, oraz wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z 21 grudnia 2022 r., sygn. I SA/Bk 471/22 (skarga nie dotyczyła chronologii rozliczania, a momentu rozpoznania wydatku, jako koszt kwalifikowany nowej inwestycji).

Rozstrzygnięcie może mieć istotne znaczenie praktyczne dla przedsiębiorców, którzy realizują więcej niż jedną inwestycję objętą decyzjami o wsparciu, w szczególności gdy kolejne decyzje zostały wydane w niewielkim odstępie czasu, obejmują zbliżony zakres działalności lub dotyczą częściowo pokrywających się lokalizacji.

Istota sprawy 

Sprawa dotyczyła spółki, na rzecz której wydano dwie decyzje o wsparciu na realizację nowych inwestycji. Pierwsza decyzja została wydana w październiku 2020 r., a druga w grudniu 2020 r. Zakres działalności określony w obu decyzjach częściowo się pokrywał, przy czym druga decyzja obejmowała również dodatkowy zakres działalności. Obie inwestycje miały na celu zwiększenie zdolności produkcyjnej istniejącego przedsiębiorstwa.

Wątpliwości podatnika dotyczyły sposobu korzystania ze zwolnienia podatkowego w sytuacji, w której posiada on więcej niż jedną decyzję o wsparciu. Podatnik zapytał, czy po wykorzystaniu dostępnego limitu pomocy publicznej wynikającego z pierwszej decyzji, do wysokości poniesionych kosztów kwalifikowanych, może korzystać z limitu wynikającego z drugiej decyzji, mimo że maksymalny limit pomocy wynikający z pierwszej decyzji nie został jeszcze w pełni wykorzystany i będzie mógł być wykorzystywany w kolejnych latach.

Chronologia rozliczania decyzji o wsparciu 

DKIS potwierdził, że w przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z kolejnością ich wydania. Wynika to z art. 13 ust. 6 Ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, zgodnie z którym przy posiadaniu co najmniej dwóch decyzji o wsparciu rozliczenie pomocy publicznej następuje według kolejności wydania tych decyzji.

W praktyce oznacza to, że w pierwszej kolejności podatnik powinien wykorzystywać limit pomocy publicznej wynikający z decyzji wydanej najwcześniej, a dopiero następnie limit wynikający z kolejnej decyzji. Organ odwołał się również do objaśnień podatkowych z 6 marca 2020 r., w których wskazano, że przy kilku decyzjach o wsparciu możliwe jest sumowanie przychodów i kosztów oraz ustalanie dochodu podlegającego zwolnieniu, a limit pomocy może być wykorzystywany chronologicznie, zgodnie z kolejnością wydanych decyzji.

Korzystne podejście dla podatników 

Najważniejszy praktyczny wniosek z interpretacji jest korzystny dla przedsiębiorców. DKIS potwierdził, że podatnik może korzystać z limitu pomocy publicznej wynikającego z drugiej decyzji po wykorzystaniu dostępnego limitu w ramach pierwszej decyzji, rozumianego jako limit do wysokości poniesionych kosztów kwalifikowanych. Dotyczy to również sytuacji, w której maksymalny limit pomocy wynikający z pierwszej decyzji nie został jeszcze w pełni wykorzystany z uwagi na ograniczenie wynikające z poziomu poniesionych kosztów kwalifikowanych.

Oznacza to, że zasada chronologicznego rozliczania decyzji o wsparciu nie powinna być rozumiana jako obowiązek całkowitego wykorzystania maksymalnego potencjalnego limitu wynikającego z pierwszej decyzji przed rozpoczęciem korzystania z kolejnej decyzji. Istotny jest limit realnie dostępny na dany moment, ustalany w oparciu o koszty kwalifikowane poniesione w ramach danej decyzji.

Takie podejście ma szczególne znaczenie w projektach wieloetapowych, w których koszty kwalifikowane są ponoszone stopniowo, a dostępny limit pomocy publicznej rośnie wraz z postępem inwestycji. Gdyby przyjąć odmienne podejście, podatnik mógłby zostać czasowo pozbawiony możliwości korzystania ze zwolnienia wynikającego z kolejnej decyzji, mimo że dostępny limit z wcześniejszej decyzji został już bieżąco wykorzystany.

Praktyczne znaczenie interpretacji 

Interpretacja porządkuje istotną kwestię dla podatników posiadających kilka decyzji o wsparciu. Potwierdza, że chronologiczne rozliczanie pomocy publicznej powinno być odnoszone do limitu faktycznie dostępnego w ramach danej decyzji, a nie wyłącznie do maksymalnego potencjalnego limitu wynikającego z tej decyzji.

Dla przedsiębiorców oznacza to większą elastyczność w rozliczaniu zwolnienia podatkowego w ramach PSI. Jednocześnie interpretacja pokazuje, że kluczowe pozostaje bieżące monitorowanie poziomu dostępnych limitów pomocy publicznej oraz prawidłowe przypisywanie wykorzystanej pomocy do poszczególnych decyzji zgodnie z kolejnością ich wydania.

W praktyce rozstrzygnięcie to może ułatwić rozliczanie zwolnienia podatkowego w przypadku przedsiębiorców realizujących kolejne inwestycje w ramach PSI, zwłaszcza gdy koszty kwalifikowane są ponoszone stopniowo, a poszczególne decyzje o wsparciu funkcjonują równolegle w czasie.