Estoński CIT - po wykorzystaniu limitu pomocy publicznej z decyzji o wsparciu – dopiero od nowego roku podatkowego

Wyczerpanie limitu pomocy publicznej z decyzji o wsparciu ("DoW") otwiera drogę do wyboru ryczałtu od dochodów spółek, nawet jeśli sama DoW formalnie pozostaje w mocy. Zmiana formy opodatkowania nie może jednak nastąpić w trakcie roku podatkowego – przejście na estoński CIT jest dopuszczalne dopiero od początku kolejnego roku podatkowego.

Kwestia relacji pomiędzy zwolnieniami strefowymi a opodatkowaniem ryczałtem od dochodów spółek (tzw. „estoński CIT”) od dłuższego czasu budzi zainteresowanie przedsiębiorców realizujących inwestycje w ramach Polskiej Strefy Inwestycji ("PSI"). Zgodnie z art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych ("ustawa o CIT"), przepisów o ryczałcie nie stosuje się m.in. do podatników osiągających dochody, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy o CIT.

W interpretacji indywidualnej z 12 października 2026 r. (0111-KDIB1-3.4010.591.2026.1.JMS) Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (“DKIS”) rozstrzygnął kluczowe wątpliwości dotyczące momentu, w którym przedsiębiorca po skonsumowaniu dostępnej pomocy publicznej może wdrożyć tzw. estoński CIT.

Stan faktyczny: wyczerpanie puli pomocy a dalsze obowiązywanie decyzji o wsparciu

Wnioskodawca to spółka prowadząca działalność gospodarczą na podstawie DoW wydanej na okres 12 lat. Z tego tytułu korzysta ona ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Z kalkulacji i prognoz finansowych spółki wynikało, że przysługujący jej limit zwolnienia podatkowego (wartość dopuszczalnej pomocy publicznej) zostanie w całości wykorzystany z końcem 2026 r. Po wyczerpaniu dostępnej puli pomocy spółka planuje kontynuować dotychczasową działalność na terenie określonym w DoW, zmieniając jednocześnie formę opodatkowania na ryczałt od dochodów spółek (rozdział 6b ustawy o CIT). Formalnie jednak 12-letni okres obowiązywania DoW nie upłynie.

Pytania podatnika

Na tle opisanego stanu faktycznego spółka zadała trzy pytania:

1. Czy w sytuacji wykorzystania w całości limitu pomocy publicznej (i tym samym zaprzestania osiągania dochodów zwolnionych z CIT) przysługuje jej prawo do wyboru estońskiego CIT, mimo że decyzja o wsparciu formalnie nadal obowiązuje?
2. W przypadku odpowiedzi twierdzącej na pytanie pierwsze – czy zmiana formy opodatkowania na ryczałt jest dopuszczalna w trakcie roku podatkowego, tj. od miesiąca następującego po miesiącu, w którym limit został wyczerpany (w trybie art. 28j ust. 5 ustawy o CIT)?
3. W przypadku odpowiedzi przeczącej na pytanie drugie – czy spółka może wybrać ryczałt od kolejnego roku podatkowego, następującego po roku wyczerpania limitu pomocy?

Zdaniem wnioskodawcy, odpowiedź na wszystkie trzy pytania powinna być twierdząca. W zakresie pytania drugiego spółka argumentowała, że art. 28j ust. 5 ustawy o CIT wprost dopuszcza wybór ryczałtu w trakcie roku podatkowego pod warunkiem zamknięcia ksiąg rachunkowych i sporządzenia sprawozdania finansowego na ostatni dzień miesiąca poprzedzającego pierwszy miesiąc opodatkowania ryczałtem. Podatnik powołał się m.in. na pkt 38 Objaśnień podatkowych Ministra Finansów z 23 grudnia 2021 r. („Przewodnik do Ryczałtu od dochodów Spółek”) oraz wcześniejsze korzystne stanowisko organów (np. interpretację z sygn. 0111-KDIB1-3.4010.645.2024.1.JKU w zakresie pyt. 1.), polemizując z odmiennym podejściem do prezentowanego w zakresie pyt. 1, wyrażonym m.in. w interpretacji z 1 sierpnia 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.373.2025.1.PC).

Stanowisko organu: formalne obowiązywanie decyzji to nie przeszkoda, ale zmiana formy opodatkowania w trakcie roku wykluczona

DKIS uznał stanowisko wnioskodawcy za częściowo prawidłowe i częściowo nieprawidłowe.

Organ potwierdził, że samo formalne posiadanie ważnej DoW nie uniemożliwia wyboru estońskiego CIT. Wyłączenie z art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT dotyczy bowiem wyłącznie podatników faktycznie osiągających dochody zwolnione. Po wyczerpaniu limitu pomocy spółka traci prawo do zwolnienia, a jej dochody podlegają opodatkowaniu na zasadach ogólnych.

Swoje stanowisko organ oparł bezpośrednio na Objaśnieniach podatkowych Ministra Finansów z 23 grudnia 2021 r. („Przewodnik do Ryczałtu od dochodów Spółek”), powołując się na kluczowy fragment pkt 38: „Po wyczerpaniu limitu pomocy publicznej, albo po uchyleniu lub wygaśnięciu decyzji (zezwolenia) podatnik spełniający warunki określone w przepisach o ryczałcie może wybrać tą formę opodatkowania”.

W odniesieniu do pytania nr 2. Organ wykluczył możliwość przejścia na ryczałt w trakcie trwającego roku podatkowego na podstawie art. 28j ust. 5 ustawy o CIT. Zgodnie z rozporządzeniem w sprawie pomocy publicznej na realizację nowych inwestycji (§ 9 ust. 1 i § 10 ust. 4 pkt 2) pomoc rozliczana jest rocznie, a dniem jej udzielenia jest dzień upływu terminu złożenia rocznego zeznania podatkowego (CIT-8). W trakcie roku podatkowego nie da się zatem definitywnie określić momentu skonsumowania przysługującego pułapu pomocy.

Organ uznał stanowisko spółki w zakresie pytania nr 3 za prawidłowe. W ocenie DKIS, podatnik może wybrać estoński CIT dopiero od początku nowego roku podatkowego. Dopiero z końcem roku, w którym wyczerpano limit pomocy, ostatecznie zamyka się bowiem okres rozliczeniowy z dochodem zwolnionym z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.

Komentarz PwC: co interpretacja oznacza dla inwestorów strefowych?

Omawiane rozstrzygnięcie niesie za sobą istotne wnioski praktyczne dla spółek działających w ramach PSI, które zbliżają się do pełnego skonsumowania przysługującej im puli zwolnienia podatkowego.

Interpretacja potwierdza, że obowiązywanie DoW nie stanowi przeszkody do zmiany formy opodatkowania po wyczerpaniu limitu pomocy publicznej na estoński CIT. Spółka, która wykorzystała cały dostępny limit pomocy publicznej, mogłaby teoretycznie rozważyć wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie wygaśnięcia DoW. W przypadku podmiotu, który skorzystał z pomocy publicznej, wymaga to jednak spełnienia wszystkich warunków określonych w decyzji oraz warunków udzielania pomocy publicznej. Wygaszenie DoW w tym trybie nie jest zatem możliwe, jeżeli nie upłynął jeszcze wymagany okres utrzymania inwestycji. Należy bowiem pamiętać, że w okresie trwałości inwestycji, wynoszącym od 3 do 5 lat, podmiot posiadający DoW musi nadal spełniać wymagane kryteria jakościowe. Istnieją więc przesłanki przemawiające za tym, że mimo wyczerpania całego limitu zwolnienia z CIT spółka nadal będzie musiała utrzymywać DoW w mocy do czasu wykonania wszystkich związanych z nią obowiązków.

W omawianej interpretacji organ nie zgodził się na pełną elastyczność w zakresie wyboru momentu przejścia na estoński CIT. Podatnik, który wyczerpie limit np. w maju czy wrześniu, nie może zamknąć ksiąg w trakcie roku i przejść na ryczałt od kolejnego miesiąca. Pozostałą część roku podatkowego musi rozliczyć na zasadach ogólnych.

Przedsiębiorcy planujący restrukturyzację modelu podatkowego muszą dokładnie monitorować poziom konsumpcji pomocy publicznej pod kątem zamknięcia roku podatkowego. Harmonogram przejścia na estoński CIT powinien być zsynchronizowany z końcem danego roku podatkowego, a sam proces warto uwzględnić w polityce płynnościowej oraz kalkulacjach zaliczek na CIT za miesiące następujące po faktycznym skonsumowaniu limitu.