Dofinansowanie do wynagrodzeń z FGŚP a zwolnienie strefowe

Otrzymywanie wsparcia publicznego, zwłaszcza w obliczu kryzysów gospodarczych, zawsze budzi pytania o sposób jego opodatkowania. Przedsiębiorcy działający w specjalnych strefach ekonomicznych (SSE), korzystający ze zwolnień podatkowych, zmagają się dodatkowo z kwestią kwalifikacji tego typu przychodów do działalności zwolnionej. Niedawna interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, wydana pod wpływem prawomocnych wyroków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego, rozwiewa wątpliwości dotyczące dofinansowania wynagrodzeń z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych (FGŚP) dla przedsiębiorców strefowych. Omawiana interpretacja indywidualna, sygn. 0111-KDWB.4010.37.2022.12.APA z dnia 29 kwietnia 2026 r., stanowi istotny punkt odniesienia dla firm, które w okresie pandemii COVID-19 skorzystały z tego typu wsparcia. 

Stan faktyczny 

Wnioskodawcą w omawianej sprawie była spółka, korzystająca ze zwolnienia z CIT na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie Specjalnej Strefy Ekonomicznej. W celu ograniczenia negatywnych konsekwencji ekonomicznych wywołanych pandemią COVID-19 oraz w celu utrzymania miejsc pracy, Spółka skorzystała z dofinansowania do wynagrodzeń pracowników ze środków Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych (FGŚP), przewidzianego w art. 15g ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19. 

Istotnym elementem stanu faktycznego było to, że część pracowników objętych tym dofinansowaniem wykonywała zadania bezpośrednio związane z działalnością gospodarczą prowadzoną na terenie SSE (tzw. działalność strefowa). W konsekwencji, koszty wynagrodzeń tych pracowników oraz uiszczane składki na ubezpieczenia społeczne były kwalifikowane jako koszty związane z działalnością strefową. Były one albo bezpośrednio alokowane do wyniku z działalności strefowej, albo w przypadku pracowników pełniących funkcje wspólne dla działalności zwolnionej i opodatkowanej, przypisywane do tego wyniku za pomocą klucza przychodowego, o którym mowa w art. 15 ust. 2 ustawy o CIT. 

Wnioskodawca zadał dwa pytania: 

1. Czy środki otrzymane z FGŚP jako dofinansowanie wynagrodzeń stanowią przychód w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o CIT? 
2. W przypadku pozytywnej odpowiedzi na pytanie 1, czy środki te stanowią przychód z działalności zwolnionej z opodatkowania zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT? 

Stanowisko Organu 

W pierwotnej interpretacji z 12 sierpnia 2022 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał, że stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1 jest prawidłowe – środki z FGŚP stanowią przychód w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o CIT. Jednakże, w odniesieniu do pytania nr 2, organ uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe, twierdząc, że przychód z dofinansowania nie kwalifikuje się do zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. 

Wnioskodawca zaskarżył tę niekorzystną dla niego część interpretacji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie, wyrokiem z 15 grudnia 2022 r., sygn. akt I SA/Rz 638/22, uchylił interpretację w zaskarżonej części. Dyrektor KIS wniósł skargę kasacyjną od tego wyroku do Naczelnego Sądu Administracyjnego, która została oddalona wyrokiem z 2 grudnia 2025 r., sygn. akt II FSK 263/23. Tym samym, orzeczenie WSA stało się prawomocne. 

Zobligowany prawomocnymi wyrokami sądów administracyjnych, Dyrektor KIS ponownie rozpatrzył wniosek. W wyniku ponownej analizy organ potwierdził, że: 

• środki otrzymane przez Wnioskodawcę z FGŚP na podstawie art. 15g ustawy o przeciwdziałaniu COVID-19 jako dofinansowanie wynagrodzeń stanowią przychód w rozumieniu art. 12 ust. 1 ustawy o CIT, 
• jednocześnie, środki te stanowią przychód z działalności zwolnionej z opodatkowania zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. 

Uzasadniając swoje stanowisko, Dyrektor KIS, cytując orzeczenie WSA, wskazał na ścisły, funkcjonalny i nierozerwalny związek pomiędzy dofinansowaniem do wynagrodzeń i składek pracowników ze środków FGŚP a działalnością strefową spółki. Podkreślono, że dofinansowanie to rekompensuje spadek obrotów w działalności strefowej i dotyczy utrzymania miejsc pracy w strefie, stanowiąc o sposobie sfinansowania kosztów tej działalności. Przyjęto, że gdyby spółka nie prowadziła tej działalności gospodarczej, nie poniosłaby kosztów, których częściowe sfinansowanie miało złagodzić niekorzystne skutki pandemii. 

Komentarz PwC 

Przedmiotowa interpretacja stanowi istotne rozstrzygnięcie w obszarze prawa podatkowego, precyzujące zakres stosowania zwolnień podatkowych w SSE w kontekście publicznego wsparcia w sytuacjach nadzwyczajnych. Akceptacja stanowiska Wnioskodawcy przez organ podatkowy, po wydaniu wyroków sądów administracyjnych, potwierdza, że dofinansowania do wynagrodzeń z FGŚP, odnoszące się do pracowników zaangażowanych w działalność objętą zezwoleniem strefowym, kwalifikują się jako przychód z tej działalności i tym samym są objęte zwolnieniem z CIT. 

Najistotniejszym elementem w omawianej sprawie jest koncepcja bezpośredniego i nierozerwalnego związku funkcjonalnego pomiędzy otrzymanym wsparciem a generowaniem dochodów z działalności strefowej. Dofinansowanie w tym kontekście nie jest postrzegane jako przychód o charakterze oderwanym od podstawowej działalności gospodarczej, lecz jako element wspierający pokrycie bieżących kosztów tej działalności, realizowanej w reżimie zwolnienia podatkowego.  

Niniejsze rozstrzygnięcie ma również fundamentalne znaczenie dla zachowania zasady równości traktowania podatników. Przyjęcie odmiennego stanowiska, skutkującego brakiem możliwości objęcia zwolnieniem przychodu z FGŚP dla podmiotów strefowych, prowadziłoby do ich dyskryminacji w stosunku do podatników niestrefowych. Dla tych ostatnich dofinansowanie było zasadniczo neutralne podatkowo (przychód równoważony kosztem), natomiast w przypadku spółek strefowych brak zwolnienia skutkowałby opodatkowaniem przychodu bez możliwości efektywnego zaalokowania odpowiadających mu kosztów strefowych do działalności zwolnionej. Finalne stanowisko organu przywraca proporcjonalność i sprawiedliwość systemu podatkowego w tym zakresie. 

Ostatecznie, interpretacja ta stanowi klarowny sygnał, że wsparcie mające na celu utrzymanie stabilności zatrudnienia w kwalifikowanej działalności, nawet w przypadku zdarzeń nadzwyczajnych, może być objęte preferencjami podatkowymi wynikającymi z zezwoleń strefowych, pod warunkiem wykazania ich bezpośredniego związku.