Czy absencje pracowników B+R są kosztami kwalifikowanymi ulgi badawczo rozwojowej

Kwestia ujmowania w kosztach kwalifikowanych ulgi badawczo‑rozwojowej (ulga B+R) wynagrodzeń pracowników za okresy usprawiedliwionej nieobecności od początku obowiązywania regulacji budziła wątpliwości interpretacyjne oraz stanowiła przedmiot licznych sporów pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi. Organy, prezentując stanowisko restrykcyjne, wskazywały, że skoro pracownik w okresie nieświadczenia pracy - spowodowanym urlopem, chorobą czy inną usprawiedliwioną absencją - nie wykonuje faktycznych prac B+R, to wynagrodzenia za te okresy nie mogą być uznane za koszty kwalifikowane. Istotnym przykładem tego sporu jest sprawa Spółki zajmującej się tworzeniem i rozwijaniem rozwiązań z zakresu robotyzacji procesów księgowych, w której ostateczne rozstrzygnięcie zapadło po przejściu pełnej ścieżki sądowo‑administracyjnej.

Okoliczności sprawy

W przedstawionym stanie faktycznym Spółka opisała swoją działalność polegającą na świadczeniu usług finansowo księgowych oraz równoległym rozwijaniu oprogramowania “RPA”, które wspiera automatyzację procesów księgowych. Realizowane projekty mają charakter systematycznych prac rozwojowych, a ich celem jest tworzenie innowacyjnych rozwiązań eliminujących niepewność technologiczną. W pracach tych uczestniczą zarówno pracownicy w pełni dedykowani działalności B+R, jak i osoby łączące obowiązki rozwojowe z innymi zadaniami, przy czym Spółka prowadzi szczegółową ewidencję czasu pracy. Wynagrodzenia obejmują również należności przysługujące za okresy usprawiedliwionej nieobecności, które - zdaniem Spółki - jako element stosunku pracy powinny być kwalifikowane do ulgi B+R w takiej samej proporcji jak pozostałe składniki wynagrodzeń związane z działalnością rozwojową.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) w interpretacji z 4 marca 2022 r. nie podzielił tego stanowiska w części dotyczącej wynagrodzeń za czas urlopu, choroby i innych usprawiedliwionych absencji, uznając, że okresy te nie stanowią czasu pracy przeznaczonego na działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT. Spółka zaskarżyła interpretację w zakresie, w jakim wyłączała ona te należności z kosztów kwalifikowanych.

Stanowisko WSA

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, wyrokiem z 20 października 2022 r. (III SA/Wa 1056/22), uchylił interpretację w zakwestionowanym zakresie. Sąd podkreślił, że przepisy ustawy o CIT nie przewidują wyłączenia wynagrodzeń za usprawiedliwioną nieobecność z katalogu należności, które - jako element stosunku pracy - stanowią koszty kwalifikowane, o ile dotyczą pracowników zaangażowanych w działalność B+R. W ocenie Sądu czas absencji jest częścią stosunku pracy, a należności przysługujące pracownikowi na podstawie przepisów Kodeksu pracy stanowią należności, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT. WSA wskazał również, że literalna wykładnia art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT nie pozwala na przyjęcie, iż brak faktycznej realizacji zadań B+R w okresie absencji stanowi przeszkodę do zakwalifikowania wypłacanych w tym czasie należności jako kosztów kwalifikowanych. Okres absencji wpływa jedynie na ustalenie proporcji kosztów, lecz nie pozbawia ich kwalifikowalności. Rozstrzygnięcie to było w pełni korzystne dla podatnika.

Stanowisko NSA

Skarga kasacyjna wniesiona przez organ została oddalona przez Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 20 sierpnia 2025 r. (II FSK 1535/22). Sąd potwierdził, że należności z tytułu urlopu czy choroby są elementarnymi składnikami stosunku pracy i stanowią należności z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, które - o ile dotyczą pracownika wykonującego prace rozwojowe - podlegają zakwalifikowaniu do kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R. NSA zaznaczył, że przepisy ustawy o CIT nie przewidują wyłączenia wynagrodzeń za czas usprawiedliwionej absencji z kosztów kwalifikowanych i że odmienne stanowisko organu stanowiło nieuprawnioną próbę wykładni zawężającej. Sąd wskazał, że okres absencji może mieć znaczenie jedynie dla obliczenia proporcji czasu pracy poświęconego na działalność badawczo‑rozwojową w stosunku do całkowitego czasu pracy, lecz nie wpływa na samą kwalifikowalność należności.

W konsekwencji organ ponownie rozpoznał sprawę i w interpretacji indywidualnej z 22 grudnia 2025 r., sygn. 0111‑KDIB1‑3.4010.709.2021.12.PC w pełni uwzględnił ocenę prawną sądów. DKIS uznał za prawidłowe stanowisko Spółki, potwierdzając, że prowadzone przez nią projekty stanowią działalność badawczo‑rozwojową, a wszystkie wskazane we wniosku należności pracownicze – zarówno dotyczące czasu efektywnie przepracowanego, jak i okresów usprawiedliwionej nieobecności – mogą być kwalifikowane jako koszty ulgi B+R w odpowiedniej proporcji. Organ zaakceptował również możliwość kwalifikowania kosztów projektów zakończonych niepowodzeniem lub zaniechanych, zgodnie z utrwaloną praktyką, stosownie do której negatywny rezultat prac nie pozbawia projektu cech działalności rozwojowej.

Nasz komentarz

Omawiana linia orzecznicza, zwieńczona ostateczną, korzystną interpretacją, jest pozytywną wiadomością dla wszystkich podatników prowadzących działalność B+R. Rozstrzygnięcie NSA stabilizuje praktykę, zgodnie z którą wynagrodzenia za okresy usprawiedliwionej absencji stanowią element kosztów kwalifikowanych, jeżeli pracownik rzeczywiście wykonuje zadania B+R, zaś absencja wynika ze standardowych uprawnień pracowniczych. Dla przedsiębiorców oznacza to realną możliwość zwiększenia kwoty odliczenia w ramach ulgi.

Równocześnie wskazać należy, że stanowisko to pozostaje w pełnej korespondencji z interpretacją ogólną Ministra Finansów z dnia 13 lutego 2024 r. (Poz. 16, Nr DD8.8203.1.2021). Minister Finansów jednoznacznie przesądził, iż:

„do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo‑rozwojowej (…) należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez płatnika składki (…) w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo‑rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby.”

W treści interpretacji zaakcentowano również zakres pojęcia „ogólny czas pracy pracownika”, który — odwołując się do art. 128 § 1 Kodeksu pracy — nie ogranicza się do czasu efektywnego świadczenia pracy, lecz obejmuje okresy pozostawania w dyspozycji pracodawcy, w tym okresy nieświadczenia pracy z tytułu uprawnień pracowniczych. Co istotne dla praktyki rozliczeń, Minister Finansów potwierdził otwarty charakter katalogu przychodów z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT („w szczególności”), przesądzając wprost, że:

„pojedyncze elementy składowe wynagrodzenia pracownika, tj. wynagrodzenia urlopowe i chorobowe, powinny być traktowane jako składniki kosztu wynagrodzenia kwalifikowanego do ulgi badawczo‑rozwojowej, w takiej części, w jakiej do ich poniesienia, pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów oraz przy zachowaniu wszystkich pozostałych wymogów (…) w tym szczególnie (…) ustalenie zaangażowania pracownika w realizację działalności badawczo‑rozwojowej.”

Ostatecznie, zbieżność proinnowacyjnego stanowiska sądów administracyjnych oraz kierunku wyznaczonego w interpretacji ogólnej Ministra Finansów dodatkowo wzmacnia pewność prawa po stronie podatników, potwierdzając stabilność zasad kwalifikowania wynagrodzeń oraz sprzyjając podejmowaniu dalszych inwestycji w rozwój i innowacje.