Wpływ interpretacji ogólnej na ewentualne wygaśnięcie interpretacji indywidualnej z perspektywy stosowania przepisów dotyczących ulgi B+R

WSA w Gliwicach wydał istotny wyrok dotyczący ulgi B+R, który potwierdza możliwość częściowego wygaszania interpretacji indywidualnych w przypadku ich niezgodności z interpretacją ogólną. Sąd stwierdził, że interpretacja indywidualna powinna być wygaszana jedynie w zakresie, w jakim jest sprzeczna z interpretacją ogólną, a nie w całości.

Opis stanu faktycznego

Spółka z o.o. (dalej jako: „Spółka, Skarżąca”) prowadząca działalność badawczo-rozwojową (dalej jako: „działalność B+R”) wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w zakresie możliwości zastosowania ulgi badawczo-rozwojowej (dalej jako: „ulga B+R”). W ramach wniosku o wydanie interpretacji Spółka zapytała, czy opisane projekty spełniają definicję działalności B+R z art. 4a pkt 26 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej jako: „ustawa o CIT”) oraz czy opisane koszty stanowią koszty kwalifikowane w rozumieniu art. 18d ust. 2 pkt 1 i 2 ustawy o CIT.

Organ (dalej jako: „Dyrektor”) uznał stanowisko Spółki w interpretacji z dnia 26 maja 2022 r., znak 0111-KDIB1-3.4010.82.2022.2.PC, za prawidłowe w odniesieniu do pytania nr 1. Natomiast w odniesieniu do pytania nr 2 (dotyczącego kosztów kwalifikowanych), stanowisko Spółki uznano za nieprawidłowe co do zaliczenia do kosztów kwalifikowanych:

• wydatków na zakup usług specjalistycznych (tj. prace spawalnicze, mechaniczne, elektryczne, automatyki przemysłowej, konstrukcyjne, sprzedażowe) oraz
• wynagrodzeń pracowników zatrudnionych na umowę o pracę (technik serwisu, inżynier serwisu, dyrektor techniczny, dyrektor marketingu, dyrektor zarządzający) - w części dotyczącej okresów urlopu i choroby.

W dniu 13 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretację ogólną nr DD8.8203.1.2021, która dotyczyła możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi B+R należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz sfinansowanych przez płatnika składek ZUS od tych należności w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika. Zgodnie z interpretacją ogólną, kosztem kwalifikowanym do ulgi B+R mogą być również wynagrodzenia pracownicze wypłacane za okresy usprawiedliwionych nieobecności pracowników (w tym urlopy, okres choroby).

Z uwagi na opublikowanie interpretacji ogólnej, Dyrektor wydał postanowienie o stwierdzeniu wygaśnięcia wspomnianej interpretacji indywidualnej w całości.

Na powyższe postanowienie Dyrektora Spółka wniosła zażalenie. Spółka stanęła na stanowisku, iż interpretacja indywidualna jest niezgodna z interpretacją ogólną tylko w części odnoszącej się do kosztów kwalifikowanych w zakresie wynagrodzeń pracowników za czas ich usprawiedliwionej obecności, a zatem interpretacja powinna zostać wygaszona wyłącznie w tej części. W odpowiedzi Dyrektor wskazał, że zgodnie z Ordynacją podatkową, interpretacja indywidualna wygasa w całości, nawet jeśli tylko jej część jest niezgodna z interpretacją ogólną. Na postanowienie Dyrektora Spółka wniosła skargę do WSA w Gliwicach.

WSA w Gliwicach podzielił stanowisko Skarżącej. Zdaniem Sądu, przepis art. 14e § 1a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa przewiduje tylko jedną przesłankę warunkującą możliwość stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej - jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Sąd argumentował, że interpretacje indywidualne mogą obejmować wiele przepisów i zagadnień, dlatego nieuzasadnione byłoby wygaszanie interpretacji w całości, gdy tylko jej część straciła aktualność. Podkreślił, że w przypadku niezgodności tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną, Organ powinien był ograniczyć wygaśnięcie interpretacji indywidualnej tylko do części niezgodnej z interpretacją ogólną.

Skutki praktyczne dla podatników korzystających z ulgi B+R

Związany z ulgą B+R wyrok WSA w Gliwicach potwierdza możliwość częściowego wygaszania interpretacji indywidualnych w przypadku ich sprzeczności z interpretacją ogólną, co ma istotne znaczenie dla podatników korzystających z omawianej preferencji.

Jak wynika z komentowanego orzeczenia, w przypadku, gdy tylko część interpretacji indywidualnej przestaje być aktualna z powodu wydania interpretacji ogólnej, Dyrektor powinien ograniczyć się do wygaszenia interpretacji tylko w tej części, a nie w całości. Tym samym, w pozostałym zakresie, interpretacja indywidualna nadal powinna chronić podatnika, jednocześnie nie powodując ewentualnego, ponownego wystąpienia o interpretację podatkową w zakresie nieobjętym treścią interpretacji ogólnej. Co istotne, analogiczne stanowisko zaprezentowano w wyroku WSA w Krakowie z dnia 14 lutego 2025 r. (sygn. I SA/Kr 971/24) oraz w wyroku WSA w Poznaniu z dnia 27 marca 2025 r. (sygn. I SA/Po 33/25). Wskazane orzeczenia nie są jeszcze prawomocne, stąd zachęcamy do monitorowania kolejnych stanowisk sądów w tym zakresie. Podatnicy rozliczający ulgę B+R szczególnie powinni wyczekiwać stanowiska, jakie w stosunku do omawianego zagadnienia zajmie Naczelny Sąd Administracyjny.

Biorąc pod uwagę przepisy Ordynacji podatkowej i aktualną linię orzeczniczą, zgadzamy się z tym, że w przypadku niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - ta pierwsza powinna podlegać wygaszeniu wyłącznie w zakresie objętym niezgodnością. Takie podejście zapewniłoby podatnikom ciągłość ochrony w pozostałej części objętej interpretacją indywidualną i eliminowałoby konieczność ponownego występowania o interpretację w sprawach już rozstrzygniętych.

Równocześnie, pozwoliłoby to na ograniczenie ilości spraw podlegających rozstrzygnięciu Dyrektora.

Naszym zdaniem, komentowane orzeczenie wzmacnia stabilność stosowania ulgi B+R i ogranicza nadmierne formalizmy w relacji z organami podatkowymi. Mamy nadzieję, że zaprezentowana linia orzecznicza utrzyma się, dając podatnikom komfort związany ze stosowaniem przepisów dotyczących ulgi B+R.