Czy działalność strefowa wyklucza całkowicie korzystanie z ulgi B+R?

W dniu 27 marca 2025 r. została wydana interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej („Dyrektor KIS”), sygn. 0111-KDIB1-3.4010.127.2025.1.AN, która potwierdza możliwość skorzystania z ulgi B+R w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych ponoszonych w okresie, gdy Wnioskodawca nie korzysta ze zwolnień podatkowych z tytułu działalności w Specjalnej Strefie Ekonomicznej („SSE”) lub w ramach decyzji o wsparciu („DoW”), z powodu wyczerpania limitu pomocy publicznej lub do czasu rozpoczęcia korzystania ze zwolnienia na podstawie nowej DoW.

Okoliczności sprawy

Jak wynika z opisu stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego, Spółka („Wnioskodawca”) prowadzi działalność produkcyjną oraz realizuje prace stanowiące działalność badawczo-rozwojową („działalność B+R"). 

Spółka prowadziła działalność w SSE na podstawie czterech zezwoleń, które otrzymała odpowiednio w latach 2014-2018. Ponadto, Spółka uzyskała DoW 1 w 2019 r. i DoW 2 w 2021 r., obie na zwiększenie zdolności produkcyjnych z terminem zakończenia inwestycji do 31 grudnia 2023 r. Ze względu na wyczerpanie limitu pomocy publicznej na podstawie DoW 1 i 2 oraz zezwoleń SSE w trakcie roku podatkowego trwającego od kwietnia 2023 do marca 2024, Spółka nie może już korzystać ze zwolnienia podatkowego na ich podstawie. W konsekwencji począwszy od dnia 1 kwietnia 2024 r. Spółka nie wykazała i nie będzie wykazywać w składanych zeznaniach podatkowych dochodu zwolnionego na podstawie DoW 1 i 2.

Spółka uzyskała również DoW 3 w 2025 r., która dotyczy zwiększenia mocy produkcyjnych do 30 kwietnia 2028 r. Spółka nie będzie korzystać ze zwolnienia podatkowego na podstawie DoW 3 do momentu zakończenia inwestycji.

Wnioskodawca zamierzał skorzystać z ulgi badawczo-rozwojowej („ulga B+R”) począwszy od 2025 roku w związku z prowadzoną działalnością B+R, w ramach której ponosi koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 ustawy o CIT („Koszty kwalifikowane ulgi B+R”). Jednocześnie, Spółka zamierza skorzystać z ulgi B+R tylko w zakresie Kosztów kwalifikowanych ulgi B+R, które będą ponoszone w miesiącach, gdy Spółka nie jest uprawniona do korzystania ze zwolnień podatkowych, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34-34a ustaw o CIT. Dodatkowo, Spółka na podstawie prowadzonych ewidencji jest w stanie określić w którym miesiącu został poniesiony dany Koszt kwalifikowany ulgi B+R.

Wnioskodawca zwrócił się do organu z poniższymi zagadnieniami:

1. Czy Spółka jest uprawniona do odliczenia od podstawy opodatkowania (w ramach ulgi B+R) Kosztów kwalifikowanych ulgi B+R poniesionych w okresie, gdy nie korzysta ze zwolnień podatkowych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 oraz 34a ustawy o CIT, ze względu na wyczerpanie limitu pomocy publicznej na podstawie uprzednio uzyskanych zezwoleń SSE oraz DoW 1 i 2?
2. Czy Spółka jest i będzie uprawniona do odliczenia od podstawy opodatkowania (w ramach ulgi B+R) wszelkich Kosztów kwalifikowanych ulgi B+R, które zostaną zaliczone do kosztów uzyskania przychodów alokowanych do dochodu opodatkowanego, w szczególności poniesionych w okresie, gdy nie korzysta ze zwolnienia podatkowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT, (tj. do miesiąca poprzedzającego miesiąc zakończenia nowej inwestycji określonej w DoW 3, zgodnie z terminem określonym w tej decyzji), niezależnie od miejsca prowadzenia działalności?

Stanowisko organu 

Organ potwierdził stanowisko Wnioskodawcy w powyższym zakresie.

Dyrektor KIS stwierdzi, że kluczowym aspektem jest wykluczenie podwójnego uwzględniania kosztów. Oznacza to, że Koszty kwalifikowane ulgi B+R nie mogą być jednocześnie wliczane do kalkulacji dochodu zwolnionego w ramach SSE lub DoW. Zdaniem Organu, Wnioskodawca zachowuje prawo do odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R jedynie w odniesieniu do dochodu opodatkowanego, a nie przychodów zwolnionych. 

Komentarz PwC 

Niniejsza interpretacja indywidualna wydana przez Dyrektora KIS potwierdza kluczowe aspekty dotyczące możliwości korzystania z ulgi B+R przez Spółkę w sytuacji, gdy prowadzi ona działalność na terenach objętych SSE lub uzyskała DoW. 

Zgodnie z art. 18d ust. 6 ustawy o CIT, „podatnikowi, który w roku podatkowym korzysta ze zwolnień podatkowych, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a, prawo do odliczenia przysługuje jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie tych przepisów.”.

W naszej ocenie, kluczowym aspektem interpretacji jest potwierdzenie, że ww. norma nie wyklucza odliczenia w ramach ulgi B+R kosztów kwalifikowanych poniesionych na działalność B+R prowadzoną w ramach działalności SSE, pod warunkiem, że Spółka nie korzysta ze zwolnienia podatkowego w odniesieniu do tej konkretnej działalności lub tych kosztów. Takie podejście zapewnia, że Wnioskodawca nie korzysta z podwójnej preferencji podatkowej, ale jednocześnie nie jest pozbawiony możliwości skorzystania z ulgi B+R w zakresie, w jakim ponosi koszty na działalność opodatkowaną. Tym samym, jeśli podatnik ponosi koszty kwalifikowane do ulgi B+R, które nie są uwzględniane w kalkulacji dochodu strefowego, to może je odliczyć w ramach ulgi B+R. 

Naszym zdaniem, art. 18d ust. 6 ustawy o CIT uniemożliwia podwójne odliczenie tych samych kosztów. Zatem, nie sposób nie zgodzić się ze stanowiskiem organu, szczególnie że koszty kwalifikowane do ulgi B+R nie mogą być uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy o CIT.

W odniesieniu do omawianego zagadnienia, nie można mówić o jednoznacznej i ugruntowanej linii interpretacyjnej.

Z jednej strony, prezentowane stanowisko zostało potwierdzone w licznych interpretacjach podatkowych Dyrektora KIS:

• spółka będzie miała prawo do stosowania ulgi B+R w zakresie kosztów potrąconych do celów podatkowych do dnia zakończenia inwestycji (interpretacja z dnia 16 kwietnia 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.164.2025.1.AN);
• spółka uzyskuje prawo do zwolnienia z CIT dopiero po zakończeniu nowej inwestycji (zgodnie z DoW). Do tego czasu ma prawo do pełnego wykorzystania ulgi B+R (interpretacja z 12 lipca 2023 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.302.2023.1.JKU);
• możliwe jest odliczenie w ramach ulgi B+R kosztów kwalifikowanych poniesionych w miesiącach, w których spółka nie mogła skorzystać ze zwolnienia z CIT (interpretacja z 9 lutego 2022 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.436.2020.7.BM);
• po wykorzystaniu zwolnienia z CIT na podstawie DoW, spółka może korzystać z ulgi B+R w odniesieniu do działalności B+R prowadzonej w ramach tej DoW (interpretacja 1 czerwca 2021 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.153.2021.2.APO).

Niemniej jednak, pojawiają się interpretacje wyrażające odmienne stanowisko:

• spółka nie będzie uprawniona do odliczenia w ramach ulgi B+R kosztów kwalifikowanych, poniesionych w miesiącach, w których korzystanie ze zwolnienia z CIT nie było możliwe - z uwagi na wyczerpanie limitu zwolnienia z CIT (interpretacja z dnia 10 listopada 2020, 0111-KDIB1-3.4010.436.2020.1.BM);
• koszty kwalifikowane, w odniesieniu do których Spółka planuje skorzystać z Ulgi B+R, mimo że będą uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT dopiero po zakończeniu realizacji nowej inwestycji wskazanej w DoW z 2023 r. (po upływie terminu realizacji inwestycji w niej wskazanego), będą traktowane jako koszty działalności prowadzonej w oparciu o DoW z 2023 r. i uwzględniane w obliczeniach dochodu zwolnionego (interpretacja z dnia 16 stycznia 2024, 0111-KDIB1-3.4010.678.2023.2.JG).

Choć istnieją odmienne interpretacje podatkowe dotyczące zaliczenia kosztów kwalifikowanych do ulgi B+R przy jednoczesnym prowadzeniu działalność na terenach objętych SSE lub po uzyskaniu DoW, kluczowe jest, aby koszty kwalifikowane do ulgi B+R nie były jednocześnie uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku. W przypadku wątpliwości co do kumulacji wskazanych form wsparcia zachęcamy do kontaktu z naszym zespołem State Aid.