Ulga na innowacyjnych pracowników. Nowe stanowisko Ministerstwa Finansów dotyczące rozliczania niewykorzystanej ulgi B+R

Ministerstwo Finansów („MF”) wydało komunikat dotyczący sposobu rozliczania nieodliczonych kosztów kwalifikowanych po skorzystaniu z ulgi na innowacyjnych pracowników („Ulga IP”). Zgodnie z zaprezentowanym podejściem podatnik powinien pomniejszyć pulę kosztów kwalifikowanych pozostających do rozliczenia nie o wartość faktycznie zastosowanego pomniejszenia zaliczek na PIT, lecz o kwotę kosztów kwalifikowanych wykorzystanych do obliczenia tego pomniejszenia. 

Informacja ta może mieć istotne znaczenie dla podatników korzystających z ulgi badawczo-rozwojowej („ulga B+R”) oraz Ulgi IP. Opublikowana informacja nie stanowi jednak interpretacji ogólnej ani objaśnień podatkowych i nie jest formalnie wiążącym źródłem wykładni prawa. Jest natomiast istotnym sygnałem wskazującym na aktualny kierunek interpretacyjny MF, który może wpływać na praktykę organów podatkowych. Czy oznacza to zakwestionowanie występującego dotychczas w praktyce odmiennego podejście, opartego przede wszystkim na literalnym brzmieniu art. 18d ust. 8 oraz art. 18db ust. 1 ustawy o CIT? Szczegóły przedstawiamy poniżej. 

Okoliczności sprawy 

7 września 2026 r. Ministerstwo Finansów opublikowało informację dotyczącą sposobu stosowania art. 18d ust. 8 oraz art. 18db ust. 1 ustawy o CIT w zakresie relacji pomiędzy ulgą B+R a ulgą IP. 

Przedmiotem wątpliwości było ustalenie, jak należy określać wysokość nieodliczonych kosztów kwalifikowanych pozostających do rozliczenia w kolejnych latach podatkowych po skorzystaniu z Ulgi IP. Zgodnie z art. 18db ust. 1 ustawy o CIT podatnik może pomniejszać zaliczki na PIT o iloczyn nieodliczonej kwoty Ulgi B+R oraz właściwej stawki CIT. Jednocześnie art. 18d ust. 8 ustawy o CIT stanowi, że przy rozliczaniu kosztów kwalifikowanych w kolejnych latach należy uwzględnić kwoty pomniejszeń, o których mowa w art. 18db ust. 1 ustawy o CIT. 

MF uznało, że skorzystanie z Ulgi IP prowadzi do wykorzystania części kosztów kwalifikowanych będących podstawą Ulgi B+R. W konsekwencji, przy ustalaniu puli kosztów kwalifikowanych pozostających do rozliczenia w kolejnych latach podatnik powinien pomniejszyć ją nie o wartość faktycznie zastosowanego pomniejszenia zaliczek na PIT, lecz o kwotę kosztów kwalifikowanych wykorzystanych do obliczenia tego pomniejszenia. 

W uzasadnieniu wskazano, że Ulga IP stanowi dodatkowy mechanizm wykorzystania Ulgi B+R, a korzyść uzyskiwana poprzez pomniejszenie zaliczek na PIT odpowiada wykorzystaniu określonej puli kosztów kwalifikowanych. Jednocześnie MF zapowiedziało możliwość weryfikacji wydanych dotychczas interpretacji indywidualnych odnoszących się do tego zagadnienia. 

Praktyczne znaczenie omawianego zagadnienia można zobrazować na następującym przykładzie. Załóżmy, że podatnik posiada 500 000 zł nieodliczonych kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R. W ramach Ulgi IP podatnik pomniejszył zaliczki na PIT o 95 000 zł, tj. o kwotę odpowiadającą 19% tych kosztów. Zgodnie ze stanowiskiem MF pomniejszenie zaliczek o 95 000 zł oznaczałoby wykorzystanie całej puli dostępnych kosztów kwalifikowanych, tj. stanowiących podstawę tego pomniejszenia, w wysokości 500 000 zł. W rezultacie podatnik nie dysponowałby po rozliczeniu Ulgi IP kwotą kosztów kwalifikowanych do rozliczenia w kolejnych latach w ramach ulgi B+R. 

Gdyby przyjąć odmienną interpretację art. 18d ust. 8 ustawy o CIT, przy dalszym rozliczaniu ulgi B+R mogłaby istnieć możliwość uwzględnienia do rozliczenia w kolejnych latach jeszcze 405 000 zł kosztów kwalifikowanych jako wynik pomniejszenia 500 000 zł o 95 000 zł wykorzystane w Uldze IP. 

Komentarz PwC 

Stanowisko MF nie wynika wprost z treści przepisów 

Przedstawione przez MF stanowisko może prowadzić do istotnego ograniczenia wartości wsparcia dostępnego dla podatników korzystających z Ulgi IP. W naszej ocenie nie wynika ono jednak jednoznacznie z literalnego brzmienia art. 18d ust. 8 ustawy o CIT. 

Przepis ten wskazuje, że przy rozliczaniu nieodliczonych kosztów kwalifikowanych w kolejnych latach należy „uwzględnić kwoty pomniejszeń”, o których mowa w art. 18db ust. 1 ustawy o CIT. Ustawodawca posłużył się zatem pojęciem „kwot pomniejszeń”, a nie „kosztów kwalifikowanych wykorzystanych do obliczenia tych pomniejszeń”. Jednocześnie art. 18db ust. 1 ustawy o CIT odnosi się do pomniejszenia zaliczek na PIT o określoną wartość. Można zatem argumentować, że odesłanie zawarte w art. 18d ust. 8 ustawy o CIT dotyczy właśnie faktycznie zastosowanego pomniejszenia zaliczek na PIT, a nie odpowiadającej mu kwoty kosztów kwalifikowanych. 

Nie można pominąć argumentów funkcjonalnych, na których opiera się stanowisko MF, związanych z ekonomicznym powiązaniem Ulgi B+R oraz Ulgi IP. Jednocześnie, w naszej ocenie, okoliczność ta nie przesądza jeszcze o sposobie interpretacji analizowanych przepisów. Za odmiennym podejściem przemawia bowiem również ich literalne brzmienie, które w prawie podatkowym co do zasady stanowi podstawowy punkt odniesienia przy ustalaniu treści normy prawnej. Argumenty systemowe i celowościowe mogą natomiast wspierać proces wykładni, nie powinny jednak prowadzić do pominięcia jednoznacznie użytych przez ustawodawcę sformułowań. 

Ustawodawca rozróżnia koszty kwalifikowane oraz kwoty pomniejszeń 

Dodatkowym argumentem przemawiającym za odmiennym podejściem jest terminologia zastosowana przez ustawodawcę. W art. 18d ust. 8 ustawy o CIT mowa jest z jednej strony o kosztach kwalifikowanych podlegających rozliczeniu w kolejnych latach, a z drugiej o „kwotach pomniejszeń”, o których mowa w art. 18db ust. 1 ustawy o CIT. Posłużenie się dwoma odrębnymi pojęciami może przemawiać za tym, że nie powinny być one traktowane jako tożsame. Gdyby intencją ustawodawcy było pomniejszanie puli nieodliczonych kosztów kwalifikowanych o wartość kosztów wykorzystanych przy kalkulacji Ulgi IP, mógłby on posłużyć się takim sformułowaniem wprost. 

MF wskazuje, że Ulga IP stanowi dodatkowy mechanizm wykorzystania korzyści wynikających z Ulgi B+R, a korzyść uzyskiwana poprzez pomniejszenie zaliczek na PIT odpowiada ekonomicznie wykorzystaniu określonej puli kosztów kwalifikowanych. Argument ten odwołuje się jednak przede wszystkim do funkcji i celu regulacji. Tymczasem art. 18d ust. 8 ustawy o CIT nie posługuje się pojęciem kosztów kwalifikowanych wykorzystanych przy kalkulacji Ulgi IP, lecz pojęciem „kwot pomniejszeń”. Stanowisko MF opiera się zatem na ekonomicznym sensie regulacji, natomiast literalne brzmienie przepisów pozostawia przestrzeń dla odmiennej interpretacji. 

Ulga B+R i Ulga IP funkcjonują na różnych poziomach kalkulacji 

Jak słusznie zauważono w samej informacji MF, Ulga IP funkcjonuje na poziomie kwoty podatku (zaliczek na PIT), natomiast Ulga B+R operuje na poziomie kosztów kwalifikowanych. Są to dwa różne poziomy kalkulacji, które nie powinny być automatycznie ze sobą utożsamiane bez wyraźnej podstawy ustawowej. 

Stanowisko MF wymaga w istocie przeliczenia kwoty pomniejszenia zaliczek na PIT na odpowiadającą jej wartość kosztów kwalifikowanych. Taki mechanizm nie został jednak przewidziany ani w art. 18d ust. 8, ani w art. 18db ust. 1 ustawy o CIT. W konsekwencji można argumentować, że przyjęta przez MF wykładnia opiera się na dodatkowym założeniu interpretacyjnym, niewynikającym wprost z treści przepisów. 

Podsumowanie 

Stanowisko MF przedstawia określony sposób interpretacji relacji pomiędzy Ulgą B+R a Ulgą IP. W naszej ocenie treść art. 18d ust. 8 oraz art. 18db ust. 1 ustawy o CIT pozwala jednak również na obronę odmiennego stanowiska. Przemawiają za tym przede wszystkim argumenty wynikające z literalnego brzmienia analizowanych przepisów, w szczególności posłużenie się przez ustawodawcę pojęciem „kwot pomniejszeń”, a nie kosztów kwalifikowanych stanowiących podstawę ich kalkulacji. 

Co więcej, jeżeli intencją ustawodawcy rzeczywiście było przyjęcie skutku prezentowanego obecnie przez MF, tj. pomniejszania puli kosztów kwalifikowanych pozostających do rozliczenia o wartość kosztów wykorzystanych do kalkulacji Ulgi IP, zasadne wydaje się rozważenie odpowiedniej zmiany przepisów ustawowych. Aktualne brzmienie art. 18d ust. 8 ustawy o CIT odwołuje się bowiem do „kwot pomniejszeń”, o których mowa w art. 18db ust. 1 ustawy o CIT, nie posługując się pojęciem kosztów kwalifikowanych wykorzystanych do obliczenia tych pomniejszeń. Przyjęcie wykładni prezentowanej przez MF oznacza zatem nadanie przepisom znaczenia wykraczającego poza ich literalne brzmienie, podczas gdy ewentualna zmiana zamierzonego mechanizmu rozliczeń powinna co do zasady znajdować wyraźne odzwierciedlenie w treści regulacji ustawowych. 

Publikacja informacji MF stanowi istotny sygnał dotyczący kierunku wykładni prezentowanej obecnie przez organy podatkowe, w szczególności w kontekście zapowiedzi weryfikacji wydanych dotychczas interpretacji indywidualnych. Należy jednak pamiętać, że ewentualna zmiana interpretacji w trybie art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej wywołuje skutki, co do zasady, wyłącznie na przyszłość, a podatnicy, którzy zastosowali się do posiadanych interpretacji przed ich zmianą, korzystają z ochrony przewidzianej w art. 14k i nast. Ordynacji podatkowej. Jednocześnie, w naszej ocenie, przedstawione powyżej przez nas argumenty mogą przemawiać za odmiennym podejściem – niż wyraził MF – zarówno w toku ewentualnych sporów z organami podatkowymi, jak i postępowań przed sądami administracyjnymi. Tym samym opublikowaną informację należy postrzegać przede wszystkim jako wyraz aktualnego stanowiska MF, a nie definitywne zakończenie dyskusji dotyczącej sposobu rozliczania Ulgi IP oraz Ulgi B+R.