Pomimo upływu lat Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) oraz sądy administracyjne nie wypracowały jednolitego stanowiska w zakresie możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji dla inwestycji realizowanych w ramach jednego zakładu jednocześnie w oparciu o zezwolenia strefowe (wydane na podstawie ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych,dalej ”Zezwolenia”) oraz decyzje o wsparciu w ramach Polskiej Strefy Inwestycji (wydane na podstawie ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji, dalej: “DoW”).
Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) z dnia 17 lipca 2024 r. o sygn. II FSK 404/24
Spółka prowadząca działalność w Specjalnej Strefie Ekonomicznej (SSE) na podstawie Zezwolenia, planowała rozbudowę zakładu i wystąpiła o Decyzję o wsparciu na nową inwestycję, zlokalizowaną na tych samych działkach. Spółka zapytała, czy dochód z działalności gospodarczej, prowadzonej na podstawie Zezwolenia i DoW, może być zwolniony z CIT w ten sposób, że najpierw wykorzystany zostanie limit pomocy publicznej z Zezwolenia, a następnie, po jego wyczerpaniu, z DoW, prowadząc jedną wspólną ewidencję. Spółka stała na stanowisku, że pomoc publiczną należy rozliczać chronologicznie, zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń/decyzji o wsparciu przy wykorzystaniu jednej ewidencji.
DKIS uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe, argumentując, że Spółka ma obowiązek wydzielenia rachunkowego kosztów związanych z przychodami z nowej inwestycji oraz odrębnego prowadzenia ewidencji przychodów i kosztów z działalności w SSE na podstawie zezwoleń. Powołał się przy tym na Objaśnienia Ministra Finansów z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Objaśnienia MF).
Zarówno Wojewódzki Sąd Administracyjny (WSA) w Olsztynie, jak i NSA nie zgodziły się ze stanowiskiem DKIS. NSA argumentował, że przepisy (w szczególności art. 13 ust. 7 ustawy z dnia 18 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (ustawa o WNI) dopuszczają sytuację, w której przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie Zezwolenia, jak i DoW. Przepisy nie zakazują prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie Zezwolenia i DoW, a art. 12 ust. 2 ustawy z dnia 20 października 1994 o specjalnych strefach ekonomicznych (ustawa o SSE) i art. 13 ust. 6 ustawy o WNI nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu. NSA podkreślił również, że Objaśnienia MF nie są źródłem prawa i nie mogą stanowić wyłącznej podstawy do zakwestionowania stanowiska Spółki.
Interpretacja indywidualna z dnia 5 lutego 2025 r. o sygn. 0111-KDIB1-3.4010.384.2023.8.AN
DKIS wydał nową interpretację indywidualną, w której uwzględnił opisany powyżej wyrok NSA. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, DKIS w uzasadnieniu interpretacji wskazał, że przepisy nie nakładają obowiązku wyodrębnienia w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanego Zezwolenia i z tytułu DoW, co wynika wprost z brzmienia art. 13 ust. 7 ustawy o WNI.
Wyrok WSA w Opolu z dnia 22 stycznia 2025 r. o sygn. I SA/Op 1042/24
Podobny spór toczyła Spółka prowadząca działalność w SSE na podstawie Zezwolenia oraz uzyskała DoW na rozbudowę istniejącego zakładu. Nowa linia produkcyjna, nabyta w ramach DoW, korzysta z infrastruktury i części środków trwałych zakładu powstałego na bazie Zezwolenia. Kody PKWiU działalności w Zezwoleniu i DoW są identyczne, a teren realizacji inwestycji pokrywa się. Spółka uważa, że nie jest możliwe wyodrębnienie dochodu z Zezwolenia i DoW, dlatego prowadzi jednolite wyliczenie dochodu zwolnionego z CIT, wykorzystując w pierwszej kolejności pomoc publiczną z Zezwolenia. Spółka stała na stanowisku, że dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie SSE w oparciu o Zezwolenie oraz działalności prowadzonej w oparciu o DoW, może prowadzić jedną wspólną ewidencję dochodu podlegającego zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie posiadanego w danym okresie Zezwolenia oraz DoW.
W opisywanej sprawie DKIS również uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe. Stwierdził, że konieczne jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu, albowiem według organu dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.
WSA nie zgodził się z DKIS, ocenił stanowisko Spółki jako prawidłowe i uchylił niekorzystną dla podatnika interpretację indywidualną. Sąd argumentował, że przepisy (w szczególności art. 12 a ust. 1 ustawy o SSE oraz z art. 19 ustawy o WNI) nakazują prowadzenie ksiąg podatkowych, ale nie wymagają, aby były one prowadzone odrębnie dla działalności na podstawie każdego Zezwolenia i każdej DoW. Co więcej, nie wynika z nich zakaz prowadzenia jednej ewidencji. Ponadto, Sąd podkreślił, że celem ewidencji jest umożliwienie ustalenia zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej, a nie wymuszenie odrębnego prowadzenia ksiąg dla każdej formy wsparcia. Orzeczenie WSA jest nieprawomocne.
Komentarz PwC
Pomimo utrwalającej się, korzystnej dla podatników linii orzeczniczej sądów administracyjnych, spory z DKIS w kwestii prowadzenia ewidencji dla działalności realizowanej w oparciu o Zezwolenia oraz na podstawie DoW nadal pozostają aktualne. Przytoczone wyroki NSA oraz WSA w Opolu stanowią wyraźny sygnał, że stanowisko sądów administracyjnych jest jednolite, podczas gdy DKIS wciąż kwestionuje możliwość prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji, nawet w sytuacji, gdy inwestycje realizowane są w ramach jednego zakładu i są ze sobą ściśle powiązane funkcjonalnie.
Niestety, zarysowana linia orzecznicza, pomimo swojej spójności, nie przekłada się na zmianę podejścia DKIS. Podatnicy, którzy w uzasadnionych przypadkach decydują się na prowadzenie jednej ewidencji, muszą liczyć się z ryzykiem sporu z organami podatkowymi i koniecznością obrony swojego stanowiska przed sądem. Oznacza to dla przedsiębiorców dodatkowe koszty oraz niepewność prawną, które z pewnością nie sprzyjają rozwojowi i korzystaniu z DoW w sytuacjach, gdy inwestor prowadzi już działalność w oparciu o Zezwolenie. Zasadne byłoby, aby DKIS uwzględnił w swojej praktyce interpretacyjnej utrwalone stanowisko sądów administracyjnych, co pozwoliłoby uniknąć zbędnych sporów i zwiększyć zaufanie podatników do organów podatkowych. Przywołana powyżej interpretacja o sygn. 0111-KDIB1-3.4010.384.2023.8.AN pozwala wyrazić nadzieję, że DKIS zmieni swoje podejście.
Należy zaznaczyć, że przepisy regulujące kwestie działalności w oparciu o Zezwolenie oraz o DoW nie wykluczają możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji w opisanych powyżej przypadkach.
W przypadku dodatkowych pytań bądź wątpliwości zapraszamy do kontaktu.
Autorzy:
