Sprawa dotyczyła podatnika, który w ramach obowiązków pracowniczych został delegowany do realizacji prac przy projekcie współfinansowanym ze środków pochodzących z bezzwrotnej pomocy udzielonej przez Komisję Europejską. Za pracę wykonaną przy projekcie podatnik otrzymywał wynagrodzenie, które było finansowane przez pracodawcę bezpośrednio z grantu Komisji Europejskiej. Od uzyskiwanego w ten sposób wynagrodzenia pracodawca jako płatnik nie pobierał zaliczek na PIT, korzystając ze zwolnienia z opodatkowania tych dochodów zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT. Pracodawca korzystał także z wydanej na jego rzecz interpretacji indywidualnej, zgodnie z którą dochody osób fizycznych zatrudnionych do realizacji projektu w części opłacanej z grantu Komisji Europejskiej, bezpośrednio realizujących cel programu, są zwolnione z opodatkowania PIT. Niemniej jednak, w ramach istniejącego stosunku pracy tylko część pracy z etatu była wykonywana przy realizacji projektu. Tym samym, od pozostałej części wynagrodzenia uzyskanego przez pracownika i niezwiązanego z pracą na rzecz projektu, płatnik pobierał zaliczki na podatek dochodowy na zasadach ogólnych. Po pewnym czasie podatnik otrzymał od pracodawcy informację o zmianie z urzędu interpretacji indywidualnej wydanej wcześniej na jego rzecz. Zmiana ta przewidywała, że osoby będące pracownikami bezpośredniego wykonawcy nie są objęte zwolnieniem, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT.
Na tym tle podatnik zapytał organ podatkowy, czy na podstawie art. 26a § 1 ordynacji podatkowej będzie on zobowiązany do uregulowania zaległego podatku z tytułu zaniżenia lub nieujawnienia przez płatnika podstawy opodatkowania z tytułu wypłaty wynagrodzenia za pracę w sytuacji, gdy płatnik wykazał uzyskiwane dochody pracownika, uznając, że podlegają one zwolnieniu z podatku dochodowego.
