Sprawa dotyczyła podatnika, który w ramach obowiązków pracowniczych został oddelegowany do pracy przy projekcie współfinansowanym ze środków unijnych. Projekt miał zostać zrealizowany w ciągu dwóch lat. Za wykonaną pracę podatnikowi przysługiwało wynagrodzenie, które było finansowane bezpośrednio ze środków unijnych. Pracodawca, występując w roli płatnika, nie pobierał zaliczek na PIT od części wynagrodzenia opłacanego ze środków unijnych. Zastosował się wówczas do wydanej na jego rzecz interpretacji dyrektora KIS, zgodnie z którą dochody osób fizycznych zatrudnionych do realizacji projektu w części opłacanej ze środków unijnych, bezpośrednio realizujących cel programu, korzystają ze zwolnienia z PIT. Pozostała część wynagrodzenia, niezwiązana z pracą wykonywaną na rzecz projektu, nie korzystała ze zwolnienia z PIT i w stosunku do niej pracodawca pobierał zaliczki na podatek dochodowy.
W 2013 r. Minister Finansów zmienił z urzędu interpretacje indywidualne, na których opierał się pracodawca. Organ wskazał, że zwolnieniem z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT nie są objęte osoby będące pracownikami bezpośredniego wykonawcy.
