Sprawa dotyczyła spółki, której głównym przedmiotem działalności była produkcja armatury łazienkowej. W ramach prowadzonej działalności spółka dążyła do wprowadzenia innowacyjnych rozwiązań w oferowanych produktach, a także do unowocześnienia procesu produkcyjnego. W tym celu spółka zawarła umowę z dostawcą oprogramowania, który zobowiązał się do dostarczenia sprzętu komputerowego niezbędnego do uruchomienia oraz poprawnego działania systemu, wykonania instalacji oraz testów poprawności, dostosowania systemu do potrzeb spółki, udzielenia na czas nieokreślony licencji na używanie systemu oraz dokumentacji towarzyszącej systemowi oraz przeprowadzenia szkoleń dla użytkowników oraz administratora. Proces wdrożenia systemu rozpoczął się z dniem podpisania umowy i wciąż trwa, gdyż system osiągnął do tej pory jedynie część zakładanej funkcjonalności.
System był narzędziem informatycznym, które samodzielnie steruje produkcją, automatycznie podejmując decyzje na podstawie sytuacji produkcyjnej i biorąc pod uwagę planowanie na przyszłość. Na czas rozwoju i fazy testowej systemu, spółka przyjęła działający sprzęt komputerowy jako środek trwały zdatny do używania i rozpoczęła jego amortyzację, natomiast nie przyjęła licencji na używanie systemu jako wartości niematerialnej i prawnej. Przyjęcie systemu do ewidencji wartości niematerialnych i prawnych spółka planowała dopiero po uzyskaniu przez niego pełnych możliwości operacyjnych.
Na tym tle spółka zapytała organ podatkowy, czy odpisy amortyzacyjne od wartości początkowej środków trwałych (sprzętu komputerowego) oraz licencji, wchodzących w zakres wdrażanego systemu, mogą zostać uznane za koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 3 ustawy o CIT, i zaliczone do kosztów podatkowych, pomniejszając tym samym podstawę opodatkowania CIT.