Sprawa dotyczyła spółki, która prowadziła działalność gospodarczą w wyodrębnionych organizacyjnie zakładach położonych w różnych regionach Polski. Spółka otrzymała zezwolenia na prowadzenie tej działalności na terenie SSE oraz poza terytorium SSE, a w przyszłości nie wyklucza możliwości pozyskania decyzji o wsparciu.
Spółka uzyskiwała dochody zarówno opodatkowane podatkiem CIT, jak i zwolnione z opodatkowania na mocy art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT. W celu ustalenia wysokości dochodu zwolnionego z opodatkowania oraz dochodu opodatkowanego, spółka przypisywała koszty uzyskania przychodów do odpowiadającego im źródła przychodów. Koszty, dla których możliwe było alokowanie do działalności zwolnionej lub opodatkowanej, były alokowane do odpowiedniego źródła przychodów. W przypadku kosztów podatkowych, które dotyczyły jednocześnie działalności opodatkowanej i działalności zwolnionej z opodatkowania, które nie mogły być przyporządkowane do konkretnej działalności, spółka stosowała klucz alokacji przewidziany w art. 15 ust. 2 i 2a ustawy o CIT.
