Sprawa dotyczyła Spółki zajmującej się m.in. tworzeniem i rozwijaniem autorskiego oprogramowania do zarządzania kapitałem ludzkim. Przychody Wnioskodawcy związane z wytworzonym własnym oprogramowaniem pochodzą m.in. ze sprzedaży licencji oraz subskrypcji na użytkowanie oprogramowania. W celu tworzenia i rozwijania oprogramowania będącego działalnością B+R, spółka współpracuje z podmiotami zewnętrznymi (podwykonawcy prowadzący indywidualną działalność gospodarczą lub współpracujący na podstawie umów zlecenia) m.in. programistami, inżynierami oprogramowania, analitykami, itp.
Spółka powzięła wątpliwość czy dla celów kalkulacji dochodu podlegającego Innovation Box powinna dochód uzyskiwany z oprogramowania pomnożyć przez Nexus, w którym wynagrodzenie wypłacane podwykonawcom za przeniesienie praw autorskich do programu komputerowego zaliczyłaby do litery „d” wskaźnika Nexus, a wynagrodzenie wypłacane podwykonawcom za nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych, niestanowiące wynagrodzenia za przeniesienie autorskiego prawa do programu komputerowego, w tym wynagrodzenie wypłacane podwykonawcom z tytułu realizacji działań sprzedażowych do litery „b” wskaźnika Nexus.
