Sprawa dotyczyła spółki, która prowadziła działalność gospodarczą w zakresie produkcji leków, suplementów diety oraz produktów medycznych wytwarzanych w nowoczesnych fabrykach. Spółka stale rozwijała i ulepszała ponad 400 produktów. Na rzecz rozwoju w zakresie innowacji spółka kooperowała zarówno z podmiotami gospodarczymi, jak i naukowymi. W celu opracowania nowych oraz rozwoju dotychczasowych produktów spółka nabywała usługi badawczo-rozwojowe, know-how, opracowania eksperckie oraz prowadziła prace we własnym zakresie dotyczące m.in. formulacji farmaceutycznych, produktów kosmetycznych, suplementów diety. Pracownicy spółki, poza realizacją głównej działalności spółki, wykonywali także inne, nałożone na nich obowiązki, korzystali z przysługujących im urlopów czy zwolnień lekarskich. Na potrzeby rachunkowości finansowej oraz zarządczej i kontrolingu spółka ujmowała całą wartość wynagrodzeń swoich pracowników bez wyodrębniania czasu na inne obowiązki lub urlopy czy zwolnienia lekarskie. Koszty wynagrodzeń działów prowadzących prace B+R były dzielone na poszczególne projekty i produkty proporcjonalnie do liczby godzin pracy na nie poświęconych. W związku z wprowadzeniem od dnia 1 stycznia 2016 r. nowej ulgi na działalność B+R po stronie spółki pojawiły się wątpliwości dotyczące jej stosowania.
Na tym tle spółka zapytała organ podatkowy, czy do kalkulacji podstawy ulgi B+R opisanej w art. 18d ustawy o CIT, należy wliczyć całe wynagrodzenie pracowników zatrudnionych w celu realizacji działalności badawczo-rozwojowej, włącznie z wynagrodzeniem wypłacanym za okres choroby i urlopu.
