Wniosek o wydanie interpretacji złożył podatnik zatrudniony na podstawie umowy o pracę w spółce. Od wynagrodzenia należnego podatnikowi spółka nie pobierała zaliczek na PIT, z uwagi na to, że uważała, że dochody pracownika zatrudnionego do realizacji projektu opłacane z grantu Komisji Europejskiej będą zwolnione z podatku dochodowego od osób fizycznych w świetle art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT. Stanowisko spółki zostało potwierdzone w interpretacji indywidualnej. Następnie podatnik został poinformowany przez pracodawcę, że organ podatkowy zmienił z urzędu wydaną interpretację uznając, że zwolnieniem z PIT nie są objęte osoby będące pracownikami bezpośredniego wykonawcy.
W tak opisanym stanie faktycznym podatnik zapytał, czy będzie zobowiązany do uregulowania zaległego podatku z tytułu zaniżenia lub nieujawnienia przez płatnika podstawy opodatkowania.
