Kwestia ujmowania w kosztach kwalifikowanych ulgi badawczo‑rozwojowej (ulga B+R) wynagrodzeń pracowników za okresy usprawiedliwionej nieobecności od początku obowiązywania regulacji budziła wątpliwości interpretacyjne oraz stanowiła przedmiot licznych sporów pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi. Organy, prezentując stanowisko restrykcyjne, wskazywały, że skoro pracownik w okresie nieświadczenia pracy - spowodowanym urlopem, chorobą czy inną usprawiedliwioną absencją - nie wykonuje faktycznych prac B+R, to wynagrodzenia za te okresy nie mogą być uznane za koszty kwalifikowane. Istotnym przykładem tego sporu jest sprawa Spółki zajmującej się tworzeniem i rozwijaniem rozwiązań z zakresu robotyzacji procesów księgowych, w której ostateczne rozstrzygnięcie zapadło po przejściu pełnej ścieżki sądowo‑administracyjnej.